Il ne faut pas confondre l'asthme de l'enfant avec d'autres maladies (diagnostic différentiel) :
- La mucoviscidose : le test de la sueur (étude chimique de la sueur) est le seul examen qui permet de faire le diagnostic avec certitude.
- Le reflux gastrooesophagien : la radiographie de l'œsophage et celle de l'estomac, accompagnées de la pHmétrie (étude du pH : acidité de l'œsophage pendant vingt-quatre heures grâce à l'utilisation d'une sonde positionnée dans celui-ci) permettent de poser le diagnostic de reflux du liquide gastrique acide dans l'œsophage, parfois les bronches. Il arrive que le reflux gastro-oesophagien soit le seul responsable de l'asthme chez l'enfant.
- La bronchiolite et la bronchiolite sifflante sont bien la traduction d'une obstruction des bronchioles (diminution du passage de l'air dans les bronches), mais sont d'origine virale et surviennent essentiellement l'hiver.