Généralement les symptômes évoluent en quelques heures ou en une journée :
- Douleurs lombaires d'un côté ou des deux côtés, irradiant à la fois dans la fosse iliaque, vers le bassin et la région sus-pubienne (au niveau de la vessie).
- Cystite dans les antécédents du patient (des patientes le plus souvent) ou au moment de la pyélonéphrite. Quelquefois, il n'existe pas de symptômes cystite.
- Hyperthermie (élévation de la température) le plus souvent supérieure à 39°4C.
- Tachycardie (accélération du rythme cardiaque).
- Frissons.
- Atteinte de l'état général.
- Trouble digestif à type de nausées ou vomissements, diarrhée.
- Myalgie (douleurs musculaires).
- La pyélonéphrite aiguë chez le nourrisson se traduit le plus souvent par de la fièvre sans symptôme particulier. Les convulsions sont les premiers signes, accompagnés d'apathie (indifférence totale), quelquefois de diarrhée et d’une distension de l'abdomen. L'examen des urines, dans ce cas, doit être systématique.
- La palpation des reins est douloureuse, elle montre une douleur située sous les côtes et en arrière, entre la colonne vertébrale et les côtes.