Le traitement hormonal substitutif s'effectue de diverses manières :
- Voie percutanée (sous forme de gel ou de timbre) : dans ce cas, les oestrogènes gagnent le sang directement à travers la peau, ce qui évite les effets secondaires liés à la transformation des oestrogènes par le foie (métabolisme hépatique) susceptible d'entraîner des complications.
- Voie orale (sous forme de comprimés) obligeant les hormones à passer par le tube digestif puis par la barrière intestinale où ils sont transformés par le foie, puis se retrouvent dans la circulation sanguine. Dans ce cas ils sont généralement associés aux progestatifs (pilule).
- Sous forme injectable (en piqûre) : en cas d'hémorragies ou de cancer de la prostate chez l'homme.