Cette affection a une origine infectieuse, en particulier dans les collectivités (transmission des germes par l'intermédiaire des mains mal lavées, des aliments, des laitages, par contact avec des matières fécales).
Les virus sont le plus souvent en cause, surtout en hiver, et chez l'enfant :
- Virus de type Norwalk
- Rotavirus
- Parvovirus
- Coxsackie
- Adénovirus
Les bactéries peuvent également être à l’origine de diarrhées infectieuses aiguës :
- Clostridium perfringens (dans la charcuterie, la viande)
- Escherichiacoli (colibacille) : dans les pays en voie de développement, cause principale de la diarrhée du voyageur (turista)
- Salmonelle (contamination par l’intermédiaire des matières fécales, de l'eau, des aliments crus ou mal cuits)
- Staphylocoque doré (dans les pâtisseries, glaces, produits laitiers)
- Shigellose (transmission par l'intermédiaire des matières fécales, de l'eau polluée)
- Yersinia entérocolite (transmission par les matières fécales à partir d'animaux domestiques ou d'animaux de compagnie)
- Campylobacter (bacille provenant du bétail et transmis à l'homme par l'intermédiaire des matières fécales, du lait non pasteurisé, de l'eau, des volailles)
- Bacille cereus (nourriture contaminée)
Les autres causes de diarrhée infectieuse aiguë sont :
- Une intolérance aux aliments
- Une intolérance à un ou plusieurs médicaments (digitaline, colchicine, plomb, arsenic, insecticides)
- Une intoxication par des amibiases, ou des lambliase (parasite)
- Une intoxication par des champignons vénéneux
- L’intolérance à certains glucides (disaccharides)
- Une intolérance aux poissons (bonito, thon, etc.) entraînant en plus de l'urticaire et nécessitant un traitement antihistaminique (traitement à base de médicaments agissant contre l'histamine)
- Certaines huîtres (susceptibles d'être elles-mêmes contaminées par des bactéries : salmonelles). La diarrhée infectieuse aiguë par huîtres contaminées peut aussi se voir dans certaines régions contenant des phytoplanctons paralysants (dinoflagellés susceptibles d'entraîner une faiblesse musculaire, des paralysies et parfois des problèmes respiratoires).