Le traitement est exclusivement chirurgical.
Avant l'âge de 6 mois, on corrige la lèvre, le voile du palais (palais mou) et le nez.
Un peu plus tard il est possible d'opérer le
palais.
La chirurgie intra-utérine (pendant la grossesse) est parfois possible.
Certains cas nécessitent par la suite de petites reprises chirurgicales.
En cas de fente palatine isolée (uniquement le palais) et complète (palais mou et palais dur), le port d’une plaque spéciale permet d’obturer le palais en attendant l’opération.