Les principaux genres de spirochète pathogènes (à l'origine d'infections) sont :
- Borrelia : ce genre est responsable de fièvres récurrentes transmises par les tiques et agent de la maladie de Lyme
- Leptospira : ce genre comprend les agents de la leptospirose (appelée également maladie des égoutiers)
- Spirochaeta
- Treponema dont tréponème pallidum à l'origine de la syphilis, tréponème pertenue, tréponème carateum à l'origine de la maladie pinta, tréponème pallidum à l'origine de la maladie Bejel.
- Le tréponème pâle est visible grâce à un ultramicroscope sur fond noir. Sa longueur mesure de 6 à 14 microns et il présente environ une vingtaine de spires. Le tréponème pâle est à l'origine de la syphilis.