Le traitement de la myasthénie comporte :
- Des médicaments anticholinestérasiques : il existe cependant des effets secondaires aux médicaments anticholinestérasiques (nausée, diarrhée, hyper salivation, crampes abdominales,) qui peuvent obliger à diminuer les doses prescrites, ou nécessiter l'emploi de la propanthéline pour bloquer les effets adverses sans modifier les effets bénéfiques. Le lopéramide est utile contre la diarrhée.
- Des agents immunosuppresseurs : l'immunosuppression utilise les glucocorticoïdes (cortisone), l'azathioprine mais également d'autres médicaments (la ciclosporine ou occasionnellement le cyclophosphamide) qui sont efficaces chez presque tous les malades atteints de myasthénie. Il semble que l'amélioration clinique apparaisse plus rapidement avec des corticoïdes qu'avec les autres agents immunosuppresseurs.
- La thymectomie (ablation du thymus) : elle possède l'avantage d'un bénéfice à long terme dans certains cas, diminuant ou éliminant la nécessité de poursuivre le traitement médical. Actuellement, les chirurgiens sont en faveur d'une thymectomie chez tous les malades ayant une forme généralisée de myasthénie entre l'âge de la puberté et 55 ans au moins.