Inflammation de la muqueuse (couche de cellules recouvrant l'intérieur d'un organe creux) de l'estomac et de l'intestin d'origine virale, bactérienne parasitaire ou toxique. La gastro-entérite entraîne des troubles digestifs aigus, le plus souvent réversibles. On distingue les gastro-entérites aiguës inflammatoires et non inflammatoires.
Les gastro-entérites aiguës inflammatoires sont dues à des germes qui pénètrent la muqueuse de l'intestin provoquant des ulcérations (perte de substance de la muqueuse) susceptibles d'entraîner un saignement et une inflammation. Celle-ci s'accompagne d'une hypersécrétion (sécrétion exagérée) de liquide à l'intérieur de l'estomac : l'exsudat, liquide riche en minéraux et en protéines. Ce phénomène porte le nom de syndrome dysentérique. On constate la présence dans les selles d'une variété de globules blancs : les leucocytes, contrairement à la gastro-entérite aiguë non inflammatoire. Les germes en cause dans ce type de gastro-entérite sont (liste non exhaustive) le Campylobacter, Entamoéba histolytica de l'amibiase, Clostridium difficile, Escherichiacoli entéro-invasif (0157/H7), Vibrio parahaemolyticus, Shigellose, Yersinia enterolitica, lamblia, cyclosporose.
Les gastro-entérites aiguës non inflammatoires sont dues à des bactéries appelées bactéries entérotoxinogènes c'est-à-dire capables d'élaborer des toxines appelées entérotoxines. Les germes sont ingérés avec les aliments qui sont contaminés et ceux-ci se multiplient dans organisme, entraînant un mauvais fonctionnement de l'intestin grêle. Ce phénomène porte le nom de syndrome cholériforme. Dans ce cas les globules blancs ne sont pas présents dans les selles. Les germes en cause dans ce type de gastro-entérite sont (liste non exhaustive) : Giardia lamlbia, Staphylocoque doré, Clostridium perfringens, Escherichia coli entéro toxinogènes, virus de la grippe (virus Norwalk, Rotavirus, Adénovirus, Échos virus, virus Coxsackie, parvovirus, astrovirus) bacillus cereus.
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