L'anatoxine est une substance fabriquée par une bactérie (toxine), dénaturée par le formol et l'utilisation de la chaleur, et perdant ainsi ses propriétés toxiques mais gardant ses propriétés immunisantes. Les molécules ainsi obtenues sont utilisées comme vaccin lors de certaines affections comme le tétanos ou la diphtérie.
Néanmoinsn l'anatoxine conserve ses propriétés d'antigène ce qui entraîne, provoque la formation de petites quantités d'anatoxine et la production de cellules possédant la capacité de reconnaître la toxine. En effet, le système immunitaire d'un individu, à qui on a injecté une anatoxine, répondra par une réaction plus rapidement et de manière plus vive et plus intense au contact de la bactérie lors d'une nouvelle pénétration de celle-ci dans le corps.