La technique de Western Blot se déroule en trois étapes.
- 1. La première étape consiste à isoler les protéines contenues dans le sang grâce à une électrophorèse, c'est-à-dire un déplacement des particules soumises à un champ électrique. Ceci s'effectue sur un support chimique (le gel de polyacrylamide). On voit alors les protéines se déplacer (migrer) à une distance en relation directe avec leur poids moléculaire. C'est-à-dire que plus le poids moléculaire est faible, plus la protéine va migrer loin.
- 2. La deuxième étape consiste à accrocher sur une membrane nitrocellulose les molécules ainsi séparées.
- 3. La troisième étape est destinée à mettre en évidence les protéines grâce au dépôt d'anticorps mariés à une enzyme qui elle-même a été radio-marquée sur la membrane nitrocellulose. Grâce à la fixation de ces enzymes marquées sur les protéines précédemment individualisées, il est possible de les mettre en évidence.