La néphrite aiguë ne doit pas être confondue avec (diagnostic différentiel) :
- Une affection de la vésicule biliaire.
- Une salpingite (infection des trompes).
- Un abcès situé autour du rein, le plus souvent dû au staphylocoque doré.
- Une appendicite aiguë.
- L'examen d'urine permet généralement de faire la différence.