Le traitement de l'onyxis dépend de celui de sa cause. Les mycoses ne sont pas accessibles par des
traitements locaux (crèmes et solutions appliquées localement). Le plus souvent il est nécessaire, surtout quand l'onyxis est ancien, de recourir à un traitement général (par voie buccale) durant une longue période (plusieurs mois parfois).
Une modification de la structure de l'ongle (meulage soigneux) par un spécialiste (pédicure) des zones anatomiques atteintes est nécessaire. Des applications de vernis contenant des
antimycosiques (médicaments destinés à lutter contre les champignons) sont incontournables.