Le traitement varie selon le germe responsable et nécessite un antibiotique adapté à ce germe.
- Actinomyces : cotrimoxazole
- A pelletieri et brasiliensis : amikacine, ciprofloxacine
- A madurae : streptomycine
Chez quelques patients l'intervention chirurgicale est de mise surtout quand il s'agit d'un mycétome de nature fongique (due à un champignon). Dans ce cas un traitement, par antifongique pendant plusieurs mois, est nécessaire.
Une surveillance des patients est obligatoire étant donnée le risque de récidive important. Celle-ci doit durer au moins trois ans.