Le risque majeur est le passage de microbes dans le tissu nerveux lui-même puis ensuite dans le sang. Ceci survient quand un traitement n'est pas prodigué à temps ou quand celui-ci n'est pas adapté (antibiotiques efficaces). On risque de voir survenir une inflammation des méninges et de l'encéphale pouvant être à l'origine d'un coma et d'autres troubles neurologiques (troubles du comportement, convulsions, paralysie).
En cas de passage du germe dans le sang on assiste à une septicémie pouvant être elle-même à l'origine d'une diffusion vers un viscère. L'évolution est quelquefois très rapide, on parle alors de méningite foudroyante ou fulminans.
Quelquefois des complications neurologiques surviennent il s'agit de (liste non exhaustive) :
- L'hydrocéphalie (présence de liquide à l'intérieur du gramme)
- Perte de la vue
- Troubles de l'audition
- Retard cognitif et psychomoteurs
- Épilepsie