Le plus souvent la conjonctivite évolue de façon bénigne. Néanmoins on observe parfois des complications concernant la cornée :
- Kératite ponctuée superficielle se caractérisant par la l'apparition de micro-ulcérations(apparition de petites plaies plus ou moins profondes) à la surface de la cornée.
- Kératite sous épithéliale s'accompagnant de l'apparition de petits nodules de coloration blanchâtre susceptibles d'aboutir à une baisse de l'acuité visuelle.