Les pneumonies et bronchopneumonies sont causées par des agents pathogènes (microbes) très divers
(liste non exhaustive) :
- Les rhinovirus appartiennent à une variété de virus (à ARN) de très petite taille : les Picornaviridae. Ils sont à l'origine d'à peu près la moitié des infections des voies aériennes supérieures chez l'homme. Il s'agit du coryza, de la bronchite, des bronchopneumonies et des bronchiolites entre autres.
- Le virus para-influenza (appartenant au genre Paramyxovirus, famille des Paramyxoviridix) est responsable d'affections bénignes des voies respiratoires, à l'origine du coryza chez l'adulte ou parfois de bronchites, bronchiolites ou de bronchopneumonies chez l'enfant. Celles-ci peuvent être quelquefois très sévères et toucher le nourrisson : on parle alors de pseudo-croup. Parmi ces virus, on en distingue 4 types dont le virus de Sendai.
- Le virus de la rougeole peut également être à l'origine d'une pneumonie.
- La bronchopneumopathie peut également être due à une infection pulmonaire bactérienne : c'est le cas entre autres de la bronchopneumopathie tuberculeuse (voir phtisie galopante).
- Certains champignons (l'aspergillus) sont susceptibles d'être une source de bronchopneumopathie.