Il existe diverses variétés de biopsie :
La biopsie transcutanée est appelée également ponction-biopsie. Elle utilise un trocart monté sur un manche et contenu dans une canule. Le geste biopsique est guidé par l'échographie ou le scanner et associé quelquefois à une aspiration à la seringue.Le forage permet d'obtenir une carotte de l'organe suspecté (foie, rein, sein, poumon, plèvre, membranes synoviales, os, muscle, nerf, paupière, conjonctive, ...).
La biopsie endoscopique fait appel à un endoscope, qui est un appareil permettant d'observer et de ponctionner en même temps. Le but de la biopsie par endoscopie est de prélever un petit fragment d'organe ou de tumeur grâce un des instruments (une pince biopsique entre autres) qui sont introduits en même temps que l'endoscope. Parfois, d'autres instruments opératoires permettant cette fois-ci de traiter la lésion sont également utilisés concomitamment avec l'endoscopie. Le tube digestif est souvent investigué de cette façon : il s'agit de la fibroscopie gastroduodénale, de la coloscopie. L'utérus est visualisé grâce un hystéroscopie, la vessie avec la cystoscopie et les bronches avec la fibroscopie bronchique. L'abdomen, par l'intermédiaire d'une petite incision cutanée, est également explorable grâce à l'endoscopie.
La biopsie de certains organes abdominaux (ovaires, ganglions, péritoine) est possible. De la même manière, la plèvre est visualisée au cours d'une coelioscopie ou d'une pleuroscopie.
La biopsie chirurgicale est pratiquée par le chirurgien au bloc opératoire. Elle est utilisée soit quand la lésion est trop profonde, soit quand on désire effectuer en même temps un geste thérapeutique. On parle de biopsie extemporanée quand l'examen au microscope est effectué immédiatement et que le chirurgien attend les résultats pour poursuivre ou pas son opération.
La biopsie-exérèse permet de retirer la totalité d'une lésion afin de pratiquer un examen microscopique plus complet. La biopsie chirurgicale se pratique souvent en obstétrique, par exemple pour prélever des villosités choriales au niveau du placenta afin d'apporter un diagnostic d'anomalie fœtale. Ce geste s'effectue à travers le col de l'utérus ou la paroi abdominale de la femme enceinte.
La biopsie de l'intestin grêle est le prélèvement de la muqueuse c'est-à-dire de la couche de cellules tapissant l'intérieur de l'intestin grêle et plus précisément de sa partie proximale. Ceci se fait par biopsie pérorale (par la bouche) à l'aide, entre autres, de deux types de sonde :
- La sonde de Crosby.
- La sonde de Charles Debray.
Techniquement la biopsie de l'intestin grêle s'effectue sous le contrôle d'une radio ou bien par voie endoscopique au moment où l'on fait une gastroscopie (visualisation directe de l'intestin à l'aide d'un appareil muni d'un système optique) avec duodénoscopie (après avoir vu l'estomac le manipulateur peut pousser le coloscope plus loin en dépassant l'angle de Treitz et pénétrer dans l'intestin grêle).
La biopsie des intestin grêle permet d'orienter le diagnostic étiologique (pour déterminer la cause d'une maladie) et pour ne pas confondre plusieurs diagnostics entre eux.
Elle est effectuée pour connaître la cause de certaines affections (liste non exhaustive) :
- Les diarrhées chroniques.
- Les troubles digestifs s'accompagnant de déficiences nutritionnelles.
- La maladie coeliaque.
- La maladie de Whipple.
- La sprue hypogammaglobulinémique.
- la lymphangiectasie intestinale.
- Certaines maladies parasitaires (giardiase au cours de laquelle on constate la présence de Trophozoïtes à la surface des villosités intestinales).
- le lymphome de l'intestin grêle.
- L'amyloïdose intestinale.
- Le lymphome malin.
- La sprue tropicale.
- le syndrome de l'anse borgne ou syndrome Zollinger-Ellison.
- Le colon spastique.
- Les diarrhées de nature infectieuse.
Au cours de certaines affections intestinales, de nature parasitaire, telle que la giardiase entre autres, l'examinateur effectue également un prélèvement des sécrétions de façon à faire un examen des bactéries, des parasites et des enzymes.