On ne connaît pas l'origine de cette pathologie. On considère actuellement qu'il s'agit d'une maladie auto-immune (le malade fabrique des anticorps contre ses propres tissus).
La lésion principale est constituée par une inflammation des vaisseaux (
vascularite) et dans 50 % des cas, il existe dans l'organisme des anticorps dirigés contre la muqueuse de la bouche.
Cette maladie se rencontre dans certaines familles, en particulier et plus spécifiquement au Moyen-Orient et au Japon. On a retrouvé des variétés allo-antigènes, ou iso-antigènes : les
HLA B5, HLA-DRA5, HLA B. 51. Les alloantigènes sont des
antigènes (corps étrangers) capables de provoquer la formation d'anticorps appelés isoanticorps chez un individu.