Le remplacement des cellules habituellement présentes dans la zone du bas de l'œsophage par des cellules de l'estomac est dû au reflux gastro-oesophagien (retour des aliments de l'estomac vers l'œsophage). Le syndrome de Barret d'origine congénitale est rare.
Autrement dit les
causes du syndrome de Barett sont des séquelles de
reflux gastro-oesophagien chronique aboutissant à un processus de métaplasie c'est-à-dire de remplacement d'un type de cellules par un autre.