La maladie de Parkinson fait partie des maladies dégénératives du système nerveux central. Le terme dégénératif, finalement un peu maladroit, désigne une disparition prématurée, progressive, et irréversible d'une population, en l'occurrence les neurones de la substance noire.

Les causes de la maladie de Parkinson,  ne sont pas connues avec exactitude.

De nombreuses hypothèses ont été avancées. Par exemple, il semblerait qu'un choc émotif, ou un traumatisme, souvent incriminé au début de cette maladie dont l’évolution est progressive et sans rémission, soit pour certains, la cause de survenue de la maladie de Parkinson. Il n'existe aucune certitude à ce sujet.

D'autres équipes médicales ont avancé l'éventualité d'un stress ou d'un traumatisme comme pouvant provoquer la maladie de Parkinson. Il semble que ceux-ci révèlent et favorisent cette pathologie neurologique. Il a été question, pendant un certain temps, d'une cause infectieuse qui a été rapidement abandonnée.
Par la suite, on a évoqué une cause immunologique, c'est-à-dire que le patient fabriquerait des anticorps contre ses propres tissus. Cette piste a également été abandonnée.

La maladie de Parkinson est quelquefois associée à des mutations génétiques concernant plus précisément les gènes PARK2 (locus 6q25.2-q27), PARK6 et PARK7 (locus 1p36) ou SNCA (locus 4q21). 

Une des pistes les plus sérieuses, qui a également été abandonnée, a été celle de l'hérédité. Pourtant, il existe des familles au sein desquelles on constate un plus grand nombre de personnes atteintes que d'autres. Il s'agit de la forme familiale de la maladie de Parkinson. Néanmoins, un gène a été mis en évidence dans quelques rares familles de Grèce ou d'Italie du Sud : il s'agit d'un gène qui code pour une substance appelée la synucléine alpha. Il s'agit d'une protéine présente dans certains neurones.
Une autre piste beaucoup plus sérieuse est celle de l'intoxication par des substances, peut-être le MPTP, certains herbicides présents dans l'environnement. Cette substance n’a pas été mise en évidence clairement pour l'instant.

Une hypothèse combine les facteurs génétiques et environnementaux. Il semblerait que la perte des neurones fabriquant de la dopamine serait en rapport avec leur vulnérabilité génétique. Cette fragilité génétique serait liée à la présence d'agents toxiques présents dans l'environnement, susceptibles d'accélérer la destruction de neurones dopaminergiques.

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